PyVistaで Panel を使う

PyVistaでは， panel モジュールを vtk.js jupyterlabプロットバックエンドとして使用できます．このバックエンドは，スタンドアロンのVTKビューアまたは緊密に統合された pyvista プロットバックエンドとして使用できます．たとえば，Jupyterノートブック環境で jupyter_backend='panel' を plot または Plotter.show に渡すと，Juptyerと panel を使用したプロットが自動的に有効になります．

例えば，以下は PyVista のロゴです．

from pyvista import demos
demos.plot_logo(background='white', jupyter_backend='panel')

これは， vtk.js への変換でいくつかの詳細が失われるので，完璧なレプリカではないことに注意してください．しかし，ほとんどの場合，これは，Jupyterlab内の pyvista プロットを正確にレンダリングするために使用できます．

例と使用方法

Jupyterノートブックで panel を使用する方法は2つあります．これは， mesh.plot() で jupyter_backend を設定することにより，プロット単位で実行できます．

import pyvista as pv
from pyvista import examples

# create a point cloud from lidar data and add height scalars
dataset = examples.download_lidar()
point_cloud = pv.PolyData(dataset.points[::100])
point_cloud['height'] = point_cloud.points[:, 2]
point_cloud.plot(window_size=[500, 500],
                 jupyter_backend='panel',
                 cmap='jet',
                 point_size=2,
                 background='w')

または，バックエンドをグローバルに設定できます．

import math
import numpy
import numpy as np

import pyvista
from pyvista import examples

# set the global jupyterlab backend.  All plots from this point
# onward will use the ``panel`` backend and do not have to be
# specified in ``show``
pyvista.set_jupyter_backend('panel')

# create a sphere for Mars
sphere = pyvista.Sphere(radius=1, theta_resolution=90, phi_resolution=90,
                        start_theta=270.001, end_theta=270)
sphere.active_t_coords = numpy.zeros((sphere.points.shape[0], 2))

sphere.active_t_coords[:, 0] = 0.5 + np.arctan2(-sphere.points[:, 0], sphere.points[:, 1])/(2 * math.pi)
sphere.active_t_coords[:, 1] = 0.5 + np.arcsin(sphere.points[:, 2]) / math.pi

tex = pyvista.read_texture(examples.download_mars_jpg())

# with a black background
pl = pyvista.Plotter(window_size=[500, 500])
pl.background_color = 'black'
pl.add_mesh(sphere, texture=tex, smooth_shading=False)
pl.show()

構成に関する考慮事項

ヘッドレス環境(例: Google Colab，独自のVM)で実行している場合， Xvfb を使用して仮想フレームバッファを必ず起動してください．次のようにbashを使用して起動することもできます．

export DISPLAY=:99.0
export PYVISTA_OFF_SCREEN=true
export PYVISTA_USE_IPYVTK=true
which Xvfb
Xvfb :99 -screen 0 1024x768x24 > /dev/null 2>&1 &
sleep 3
set +x
exec "$@"

または，組み込みの pyvista.start_xvfb() を使用して起動することもできます． xvfb と libgl1-mesa-glx は必ず次のようにインストールしてください．

sudo apt-get install libgl1-mesa-dev xvfb

または，ご使用の環境で使用されているパッケージマネージャを使用します．